Bakteri utama penyebab ISK adalah bakteri Escherichia coli (E-coli) yang banyak terdapat pada tinja manusia dan biasa hidup di kolon. Wanita lebih rentan terkena ISK karena uretra wanita lebih pendek daripada uretra pria sehingga bakteri ini lebih mudah menjangkaunya. Infeksi juga dapat dipicu oleh batu di saluran kencing yang menahan koloni kuman, sebaliknya ISK kronis juga dapat menimbulkan batu. Mikroorganisme lain yang bernama Klamidia dan Mikoplasma juga dapat menyebabkan ISK pada laki-laki maupun perempuan, tetapi cenderung hanya di uretra dan sistem reproduksi. Berbeda dengan E-coli, kedua bakteri itu dapat ditularkan secara seksual sehingga penangannya harus bersamaan pada suami dan istri. Kateterisasi urin meningkatkan resiko infeksi saluran kemih. Resiko bakteriuria (bakteri dalam urin) adalah antara tiga sampai enam persen per hari dan antibiotik profilaksis (pencegah) tidak efektif dalam mengurangi infeksi yang bergejala. Resiko infeksi terkait bisa dikurangi dengan hanya memasang kateter bila diperlukan, dengan menggunakan teknik aseptik saat memasukkan, dan mempertahankan aliran kateter lancar dan tertutup dari lingkungan sekitarnya.